瑪麗醫院的性診所2005年關閉後，性別認同評估被分散到香港各區一般精神科門診而出現問題，再加上性別認同障礙的評估及輔導的求診者人數上升，威爾斯親王醫院於2010年開始計劃重開類似性診所的服務。
在2010年首次由麥棨諾醫生公開威院初步計劃是由精神科、心理科、職業治療及整形外科等組成跨專業的團隊，為病人提供一站式評估及荷爾蒙治療服務。到2012年威院更計劃開設性別重置手術服務，當時律敦治醫院袁維昌醫生仍然有提供性別重置手術服務，唯他有機會於2-3年間退休。及後幾年間性別重置手術服務的安排反覆，一度於2013年中傳出袁醫生退休後欠缺接班人，或會令本港的變性手術暫停。至2013年9月醫管局定期大會上公佈，將由威爾斯親王醫院「一站式」提供精神評估到做手術服務，當時律敦治醫院仍會保留「男變女」的手術，以及正在培訓1至2位接班人。
直至2016年10月威院公佈正式成立「性別認同障礙診所」，完整地統合公立醫院的性別認同的評估、荷爾蒙及手術治療等服務。跨專科的醫療團隊成員包括精神科醫生及護士、內分泌科醫生、泌尿外科醫生、整形外科醫生、婦產科醫生、臨床心理學家、職業治療師和言語治療師。負責的整形外科及泌尿外科醫生更被安排到英國、塞爾維亞、意大利、荷蘭及比利時等地接受培訓。
